Základní deska (nebo také mateřská deska,  motherboard) skutečně vypadá jako deska a v počítači plní mnoho úkolů. Do základní desky se instaluje procesor, paměti a rozšiřující karty, připojují se k ní také disketové mechaniky, pevné disky a další zařízení. Základní desky se od sebe liší například svou velikostí nebo tím, jaké procesory a paměti se do nich mohou instalovat, jaké mají uspořádání, komponent a podobně.
    Výběru základní desky je třeba věnovat značnou pozornost, protože ta se stane v počítači základem, na kterém lze nebo také nelze dále úspěšně stavět - podobně jako lze nebo nelze dále rozšiřovat dům s dobrými nebo se špatnými základy.


    Jedním z důležitých parametrů základní desky je její formát. Výrobci se dohodli na určitých specifikacích základních desek, které při jejich výrobě uplatňují, a to proto, aby základní desky bylo možno používat v počítačových skříních od různých výrobců. Desky stejného formátu tedy musí například odpovídat předepsaným rozměrům, musí se stejným způsobem připojovat, upevňovat, musí mít stejné požadavky na napájení, mají stanovenu maximální výšku součástek komponent, musí obsahovat stejné konektory a podobně. Dnes jsou aktuální především desky formátu AT a formátu ATX.


 formát AT
    Starší formát AT se používá již velice dlouho a desku tohoto formátu lze uplatnit i ve starších počítačových skříních se starším zdrojem napájení. Desky formátu AT mají rozměr 220 x 270 mm a obsahují pouze konektor pro připojení klávesnice. Ostatní se připojují pomocí kabelů.
    Kromě formátu AT se postupně vyvinuly i různé "odrůdy" tohoto formátu, z nichž nejpoužívanější se stal formát Baby AT - tyto mají především menší rozměry, ale liší se i rozložením jednotlivých komponent. Základní desky formátu Baby AT mají rozměry okolo 228 x 205 mm , existují však určité odchylky od tohoto rozměru a závazné je v podstatě jen rozmístění montážních otvorů.


 formát ATX
    Novější formát základních desek se jmenuje ATX a je v mnoha ohledech výhodnější. Liší se například tím, že přímo k desce jsou připojeny různé vstupně-výstupní konektory. Tím se jednak snížil počet kabelů ve skříni a také se usnadnila montáž počítače. Rozměry základní desky formátu ATX jsou 305 x 244 mm a prostor pro různé konektory má mít velikost 158,75 x 44,45 mm. Přesné rozmístění vstupně-výstupních konektorů není přesně stanoveno, a tak by se ke každé desce měl dodávat ještě plíšek přesně zapadající do vymezeného prostoru a rozmístěním otvorů odpovídající konektorům na desce.
    Základní desky ATX se liší tím, že mají jiné napájení. Zatímco desky formátu AT se napájí dvěma šestižilovými kabely, jsou základní desky ATX napájeny kabelem jedním s 20pinovým konektorem. Tyto základní desky tedy vyžadují jiný zdroj napájení, z něhož vedou kabely s jiným konektorem, než jaký se používá u základních desek AT.

    Základní desky ATX jsou také vybaveny elektronickým ovládáním zdroje. Tlačítkem na čelním panelu počítače se pouze aktivuje nebo deaktivuje elektronický obvod, který teprve ovládá výkonný napájecí zdroj. Přínosem tohoto řešení je vyšší bezpečnost obsluhy a lepší odrušení obvodů počítače, neboť síťové napájecí napětí končí v izolovaném a odstíněném napájecím zdroji a není již v počítači vedeno nikam dále. Další výhodou je i možnost programového vypnutí počítače. A to, buď na pokyn uživatele nebo v důsledku činnosti softwaru pro řízení spotřeby. Díky tomuto řešení je také možné spustit počítač po stisku klávesy nebo tlačítka na myši. Možné je též buzení počítače na dálku pomocí modemu nebo pomocí síťové karty - WOL (Wake on lan). Tuto možnost ovšem musí základní deska podporovat a nevyplývá pouze z použití napájení typu ATX.
    Při návrhu desky formátu ATX se bralo v úvahu i umístění procesoru. Patice nebo slot pro procesor je u desek ATX umístěna tak, aby procesor nepřekážel rozšiřujícím kartám. Od procesoru může být také odváděn teplý vzduch pomocí ventilátoru zdroje napájení. Tím je při stavbě počítače možné ušetřit za dodatečný aktivní chladič a méně chladičů = méně hluku.

    Kromě formátu ATX existují i další formáty, které z něho vycházejí. Jde především o formát micro ATX. Desky tohoto formátu mají rozměry maximálně 244 x 244 mm a jsou tedy velmi malé a také většinou levnější než desky ATX. Jsou určeny pro levnější počítače s omezenou rozšiřitelností, protože díky svým menším rozměrům pojmou méně karet.