Při čtení a zápisu na disketu se hlavičky přímo dotýkají povrchu diskety. Pokud je na povrchu média nějaká nečistota, zůstane na hlavičce. I když mechaniku nepoužíváme, vniká do ní otvory prach a usazuje se v mechanice. Zašpinění hlaviček nebo mechaniky může vést k chybnému čtení a zápisu na diskety.

    K čistění mechaniky použijeme čistící disketu, kterou lze zakoupit v každém obchodě s výpočetní technikou. V balení se nachází čistící tekutina a disketa. Kapalinu na disketu naneseme v přiměřeném množství otvorem pro čtecí hlavičky. Po vložení diskety do mechaniky přinutíme počítač, aby se ji pokusil přečíst. Toho můžeme dosáhnout například poklepáním na ikonu diskety v průzkumníkovi nebo ve složce Tento počítač. Po neúspěšném pokusu o přečtení se počítač bude dožadovat vložení diskety. Stejný postup provedeme ještě jednou. Tím je čistící procedura hotova. V případě většího znečištění postup opakujeme.
   
Čistící média mají omezenou životnost. Každé použití byste proto měli zaznamenat. Na potisku diskety najdete tabulku, ve které si použití diskety můžete označit např. křížkem. Po vyškrtání všech políček je již médium většinou příliš znečištěné.